Das Untere Trauntal zwischen Gmunden und Wels ist als Vogelschutzgebiet von europaweiter Bedeutung ausgewiesen. Der Fluss selbst, die Auwälder entlang seiner Ufer und die daran anschließende Kulturlandschaft sind Brutgebiete und Lebensräume zahlreicher mittlerweile selten gewordener Arten.
In diesem Abschnitt durchfließt die Traun ein Engtal. Der Auwaldgürtel links und rechts der Traun erreicht teilweise eine Breite von bis zu 700 Metern. Wo sich das Wasser unter den Fuß des Uferhangs eingegraben hat, rutschte Schotter nach. Die Hänge beiderseits des Flusses sind von Laubmischwäldern bewachsen. Daran schließt sich die vom Menschen geformte Kulturlandschaft an. Bedeutung hat dieser Naturraum vor allem als Brutgebiet von Wasservögeln. Der Gänsesäger kommt hier in einer Dichte vor, die österreichweit ihresgleichen sucht. Auch das Vorkommen des Flussuferläufers gehört zu den größten in ganz Österreich. Der Eisvogel ist an der Traun ebenso heimisch wie einige seltene Exemplare der Fluss-Seeschwalbe, die ausgedehnte Kiesbänke an größeren Flüssen als Brutgebiete bevorzugt. Erstmals in ganz Österreich hat sich auch die Schellente in diesem Abschnitt der Traun niedergelassen. Eine enorme Vielfalt an Greifvögeln zieht über der Unteren Traun ihre Kreise: Schwarzmilan, Rohrweihe, Baumfalke und Wespenbussard. Neben der Traun und den unmittelbar angrenzenden Wäldern gehören aber auch die Kies- und Schottergruben der Region und vor allem die angrenzende Kulturlandschaft mit ihren alten Obstgärten zur Gesamtheit dieses Ökosystems. Grünspecht, Gartenrotschwanz, Neuntöter und Schwarzkehlchen sind hier in den Randgebieten des Trauntales heimisch
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